A Direkt36-nak és a Telexnek több egymástól független kormányzati, illetve az államfői hivatalhoz közel álló forrás azt állította, hogy a kegyelmi ügyben fontos szerepet játszott Balog Zoltán, a Magyarországi Református Egyház vezetője, korábbi miniszter, Novák Katalin tanácsadója és régi mentora. Bár Novák nem osztott meg részleteket, a kormányzati körökből kiszivárgott információk alapján elkezdett tisztázódni a kép.
Hivatalosan Balog a köztársasági elnök tanácsadó testületének a tagja, ám több, a Novák–Balog-kapcsolatot ismerő forrás szerint a református püspöknek a formális pozícióját messze meghaladó befolyása volt Novák Katalin döntéseire.
Az Orbán-kormány egy volt magas rangú tisztviselője szerint – amit egy Novákhoz régóta közel álló forrás megerősített – Balog volt az, aki arra biztatta a köztársasági elnököt, hogy K. Endrének kegyelmet adjon. Balog azzal védekezett, amikor Orbán Viktor csapata magyarázatot kért tőle, hogy ez nem az ő személyes döntése volt, hanem a református egyház vezetésében többen szerették volna elérni, hogy a családilag jó református kapcsolatokkal rendelkező K. Endre kegyelmet kapjon.
